Het Protestants Weeshuis of Burgerweeshuis is een lang en smal complex dat zich over 30 m uitstrekt langs de Korte Achterstraat en over ruim 70 m langs de Weeshuistuin. De grootste breedte is 7,5 m. Achter het weeshuis ligt een grote, omsloten binnentuin die vanaf de straat niet zichtbaar is, de Weeshuistuin. Deze is publiek toegankelijk.
Het weeshuis is in verschillende perioden gebouwd op de plaats van het voormalige Mariaconvent (klooster). Het oudste bouwtijdvak valt samen met de kloosterperiode van 1408 tot 1573. Het oudste gebouwdeel ligt direct om de hoek van de Korte Achterstraat aan de Weeshuistuin. Ook de aangrenzende Mariakapel (opgericht in 1506) in de Korte Achterstraat is onderdeel geweest van het Mariaklooster. In 1573 is het Mariaklooster, als uitvloeisel van de Reformatie, opgeheven. In 1573-1574 heeft de graaf van Bossu, na de door de Spanjaarden verloren slag op de Zuiderzee, er gevangen gezeten. In 1574 zijn de kloostergebouwen in gebruik genomen als weeshuis. Dat heeft bestaan tot 1 mei 1958. Daarna hebben de gebouwen onderdak geboden aan enkele tientallen nieuwe gebruikers. In 2007-2008 is een grondige restauratie van het Weeshuis uitgevoerd. Het omvat nu 12 gebruikseenheden. De foto toont het Weeshuis na de restauratie. Nieuw is o.a. de glazen entreepartij op de hoek van de Weeshuistuin.